Институт начал свою деятельность в 1944 году как методический кабинет при Самаркандском областном отделе народного образования. В 1945 году центр размещался в библиотеке Самаркандского государственного университета, а затем в здании физико-математического факультета. Позже он был преобразован в Самаркандский областной институт повышения квалификации учителей. Директором был назначен М. Мансуров, а в институте работали 16 специалистов.
С 1948 года под руководством З. П. Смирновой количество сотрудников было увеличено до 26 человек, а повышение квалификации проводилось по 13 направлениям. В 1951–1953 годах директором института являлся Н. Ф. Тараненко.
В 1953–1955 годах институт возглавлял Е. Н. Наханов. В этот период институт был переведён в здание нынешнего Института иностранных языков. Значительно расширилась методическая помощь образовательным учреждениям городов и районов области. Ежегодно методическими мероприятиями и практической помощью охватывалось более 6000 учителей и руководителей начальных, неполных средних и средних школ.
С 1955 года институтом руководил У. Нарзиев. Институт был переведён в старое здание средней школы № 8 города Самарканда. Существенно расширились направления деятельности. Созданный кабинет педагогики позволил централизовать методическую работу и придать ей научный характер.
В 1966 году институт переехал в нынешнее здание, что стало важным этапом развития методической работы. В здании общей площадью 2647 кв. м был открыт общежитие на 140 мест. В 21 учебном кабинете и 3 лабораториях работали 75 специалистов. Для развития научной деятельности была введена должность заместителя директора по научной работе. Результаты научно-методической деятельности института были высоко оценены на выставке достижений народного хозяйства.
С 1975 года институт возглавлял опытный педагог Н. Латипов. В 1979–1984 годах директором был Р. Каримов. Значительный вклад в развитие института внесли доценты Х. Хуррамов, М. Абдуахадов, Д. Ортиков, М. Джамолов, М. Мухторов и другие. Материально-техническая база института была существенно укреплена.
В 1984–1988 годах институтом руководил Н. Буронов, уделявший особое внимание повышению качества методической помощи районным и городским отделам народного образования.
В 1988 году директором был избран Ш. Саидкулов. Под его руководством были созданы благоприятные условия для слушателей курсов, а также организован санаторий-профилакторий на 200 мест.
Согласно решению областного отдела народного образования от 24 декабря 1993 года институт был преобразован в Самаркандский областной институт повышения квалификации педагогических кадров. Были открыты 5 кафедр, 6 методических отделов, учебный отдел, издательский и диагностический отделы.
С 1997 года институт возглавлял А. Аминов. Были организованы курсы переподготовки для специалистов непедагогических направлений, расширена научная деятельность и укреплена материально-техническая база. Количество компьютеров достигло 102 единиц.
С 2011 года институтом руководил А. Курахмедов. Особое внимание уделялось укреплению материально-технической базы и сохранности имущества института.
В 2017–2018 годах ректором института являлся доктор философских наук О. Гайбуллаев.
В 2019–2025 годах директором регионального центра работал доктор педагогических наук (DSc) А. Ибрагимов.
С 2025 года директором регионального центра является доктор философии (PhD) по педагогическим наукам А. Собиров.